دانشگاه خواجه نصیر در رتبه بندی منتشر شده توسط نشریه تایمز در سال 2018 در بین 600 تا 800 دانشگاه برتر دنیا، 173 آسیا و بین 5 دانشگاه برتر ایران و بالاتر از دانشگاه های تهران و شریف قرار دارد. در رتبه بندی موضوعی هم در رشته های فیزیک و نجوم ، شیمی محض و مهندسی عمومی در جایگاه سوم ایران، در رشته های مهندسی عمران، مکانیک و هوافضا و برق و ریاضی در جایگاه چهارم و در رشته ی علوم کامپیوتر در رتبه دوم کشور قرار دارد.